Magister Akuntansi Syariah Syariah berdasarkan SK No. 890 tertanggal 23 Juli 2012. Puncaknya adalah pada saat UINSU diberikan izin membuka Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (FEBI) di UIN SU pada akhir tahun 2013. Program studi di FEBI bertambah dengan Program Studi Magister Perbankan Syariah berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama RI Nomor 3577 Tahun 2017 dan terakhir Prodi Magister Akuntansi Syariah mulai beroperasi pada September 2023 berdasarkan Keputusan Menteri Agama No. 1170 Tahun 2022.
Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam UIN SU Medan sebagai lembaga pendidikan memiliki tanggung jawab yang besar terkait pengembangan keilmuan Akuntansi Syariah, menyiapkan tenaga-tenaga yang bisa bekerja Lembaga Keuangan Syariah, Lembaga Profesi Akuntan, dan perusahaan. Program Studi Magister Akuntansi Syariah dibuka pada tahun 2022 dan mulai beroperasi pada tahun 2023.